Dù bị truy tố theo khoản 4 Điều 157 BLHS năm 1999 sửa đổi bổ sung năm 2009, mức án cao nhất là tử hình nhưng các bị cáo trong vụ VN Pharma chỉ bị tuyên từ 3 năm tù treo đến cao nhất 20 năm tù.
VKSND Cấp cao tại TP.HCM sau khi xem xét toàn bộ vụ án đã nhận thấy có rất nhiều tình tiết cần được làm rõ nên quyết định kháng nghị bản án sơ thẩm, đề nghị tòa cùng cấp xử phúc thẩm theo hướng hủy bản án sơ thẩm của TAND TP.HCM.