Trong thời gian dài Trường Đại học Kinh tế Quốc dân đã đào tạo sai quy định ở bậc đại học, thạc sĩ, tiến sĩ. Thậm chí đào tạo tiến sĩ trước khi xét tuyển.
Thanh tra Bộ GD-ĐT cũng nhìn nhận nguyên nhân khách quan khi trường là một trong những đơn vị đầu tiên được thực hiện tự chủ, trong khi hệ thống văn bản quy phạm pháp luật liên quan chưa được hoàn thiện, không đồng bộ...
Tự 'vẽ' ra chỉ tiêu tuyển sinh và những khoản thu sai quy định chính là một trong số những sai phạm của trường đại học Kinh tế Quốc dân giai đoạn 2017 - 2019.
Thanh tra Bộ Giáo dục đã chỉ ra một số hồ sơ liên kết có Giấy chứng nhận kiểm định đã hết hiệu lực, thiếu giấy tờ chứng minh tư cách pháp lý của cơ sở giáo dục nước ngoài.
Trong kết luận thanh tra hành chính Trường Đại học (ĐH) Kinh tế quốc dân (từ năm 2017 đến 2019), Bộ GD&ĐT chỉ ra nhiều sai phạm, tồn tại liên quan việc đảm bảo quyền lợi cho người học, tuyển sinh đại học, sau đại học của trường này.