Việc đưa mặt hàng phân bón vào danh mục không chịu thuế giá trị gia tăng không những không kéo giá phân bón trong nước giảm, mà ngược lại, còn gây nên một số tác động tiêu cực, khiến Nhà nước thất thu, doanh nghiệp chịu thiệt hại, nông dân cũng chịu thiệt hại 'kép' với phân bón giả và phân bón giá thành cao.