Thời gian qua, Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn để lại dấu ấn tốt đẹp trong lòng phụ huynh, học sinh (HS) và xã hội. Từ năm học 2011- 2012 đến nay, tỉ lệ đỗ tốt nghiệp của trường luôn đạt 100%, đỗ đại học nguyện vọng 1 từ 95% trở lên, nhiều năm đỗ 100%. Số lượng HS đoạt giải cấp tỉnh 563 giải, đoạt giải cấp quốc gia 111 giải. Nổi bật nhất trong kết quả trên là trường đoạt 2 giải Nhất môn Toán trong kì thi chọn HS giỏi cấp quốc gia 2014 và 2018; 1 HS tham gia đội tuyển dự thi Olympic châu Á Thái Bình Dương môn Tin học (năm học 2014- 2015), 1 HS đoạt Huy chương Bạc Cuộc thi Tìm kiếm tài năng Toán học trẻ quốc tế tại Singapore năm học 2016- 2017...
Đoàn học sinh Việt Nam tham dự Festival Toán học quốc tế Triathlon Apollonia tại Bulgaria 2019 đã mang về cho đất nước 3 huy chương đồng và 6 giải Khuyến khích.