Hiện tượng dịch chuyển, bồi lấp cửa An Dũ làm giảm khả năng thoát lũ qua cửa, gây ngập lụt cho vùng hạ lưu sông Lại Giang. Hàng năm, trước mùa mưa lũ tỉnh Bình Định phải bỏ hàng trăm triệu đồng để nạo vét, khơi thông cửa hoặc nổ mìn để cho nước lũ thoát qua biển.
Thời gian gần đây, tàu thuyền của nhiều ngư dân tỉnh Quảng Bình gặp khó khăn khi di chuyển qua các cửa sông để vào cảng, khu neo đậu. Nguyên nhân được xác định là do nhiều cửa sông bị cát bồi lấp.