Tuy là dự án nhà ở xã hội nhưng hiện nay, chung cư HQC Nha Trang đang được chủ đầu tư là Công ty Cổ phần Tư vấn - Thương mại - Dịch vụ địa ốc Hoàng Quân (gọi tắt Công ty Hoàng Quân) thu phí dịch vụ quản lý vận hành và phí giữ xe cao hơn rất nhiều so với các chung cư thương mại trên địa bàn thành phố Nha Trang. Tập thể người dân ở đây đã có đơn gửi các cơ quan chức năng và Báo Khánh Hòa khiếu nại về tình trạng này.