Tôn Kiên xuất hiện trong tiểu thuyết Tam quốc diễn nghĩa của La Quán Trung từ hồi 1 đến hồi 7. Do muốn đề cao phe Lưu Bị, La Quán Trung mô tả Tôn Kiên bị Hoa Hùng đánh bại và quy công giết Hoa Hùng cho Quan Vũ, quy công uy hiếp Đổng Trác ở Lạc Dương do 3 anh em Lưu Bị đại chiến với Lã Bố.