Với đặc thù là huyện biên giới, cấp ủy, chính quyền các cấp của huyện Nậm Nhùn không ngừng tìm những hướng đi mới nhằm tái cơ cấu nông nghiệp của huyện phù hợp với chủ trương của tỉnh, vừa phát huy tiềm năng, thế mạnh của huyện. Một số xã, thị trấn thực hiện tái cơ cấu nông nghiệp đem lại hiệu quả cao như: Mường Mô, Lê Lợi, Nậm Hàng và thị trấn Nậm Nhùn.