Cùng với việc tuần tra, kiểm soát, bảo vệ vững chắc chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới biển, đảo, Hải đội 2, BĐBP Thanh Hóa còn là đơn vị chủ công trong ứng phó, xử lý thiên tai, cứu hộ, cứu nạn, đồng thời, là chỗ dựa vững chắc cho ngư dân vươn khơi, bám biển.
Những năm gần đây, thiên tai diễn biến bất thường, gây thiệt hại nặng nề về người và tài sản. Vì vậy, công tác phòng chống, khắc phục hậu quả thiên tai, tìm kiếm cứu nạn được BĐBP xác định là một trong những nhiệm vụ trọng tâm, nhiệm vụ chiến đấu trong thời bình.