Với đặc thù là ngôi trường có 95% học sinh (HS) dân tộc thiểu số, chất lượng đầu vào không đồng đều, ý thức trong học tập còn thấp, nhưng với sự cố gắng, nỗ lực của tập thể cán bộ, giáo viên Trường THCS Dân tộc nội trú Thường Xuân những năm gần đây, chất lượng dạy và học đã được nâng lên rõ rệt, đặc biệt là chất lượng giáo dục mũi nhọn.