Nhà máy Thủy điện Thác Bà 2 được triển khai xây dựng trên dòng sông Chảy thuộc địa phận thị trấn Thác Bà, các xã Hán Đà, xã Vĩnh Kiên (huyện Yên Bình, tỉnh Yên Bái) và xã Mỹ Bằng (huyện Yên Sơn, tỉnh Tuyên Quang). Tuy nhiên, quá trình xây dựng nhà máy này đã phát sinh vụ việc liên quan đến thanh toán công nợ giữa nhà thầu chính và thầu phụ, có thể làm ảnh hưởng đến tiến độ dự án.
Thủy điện Thác Bà 2 trong quá trình xây dựng đã khiến diện tích bờ sông Chảy bị sạt lở, đường sá bị hư hỏng. Một số nhà thầu phụ phản ánh tình trạng bị nợ đọng tiền hợp đồng.