Một số quy định mới trong Dự thảo chương trình kiểm soát an toàn thực phẩm thủy sản xuất khẩu vào EU khiến cho ngành thủy sản lo ngại phát sinh những quy định, thủ tục quá mức cần thiết. Hoặc như quy định mới về kiểm dịch thực vật làm cho ngành điều 'than trời' vì tốn kém thời gian và chi phí. Những vấn đề này đang cần các cơ quan quản lý lưu tâm, bổ sung sửa đổi cho hợp lý để không làm khó hoạt động xuất khẩu trong ngành hàng nông sản thực phẩm.
Từ đầu năm đến nay, nhiều doanh nghiệp xuất nhập khẩu nông sản phải tăng chi phí, tốn thời gian do kiểm dịch thực vật, dẫn đến kém sức cạnh tranh trên thị trường quốc tế.