Yêu cầu về truy xuất nguồn gốc ngày càng cao đối với nông sản, hàng hóa xuất khẩu và kể cả tiêu thụ trong nước. Muốn vậy, quy trình làm việc, đáp ứng các tiêu chuẩn của HTX trong sản xuất cần được tính toán khoa học và cần những người có năng lực thực sự để giúp sản phẩm được minh bạch.
Việc tuân thủ các quy định trong sản xuất hữu cơ cần tính nghiêm ngặt cao nhưng nhiều tổ chức chứng nhận lại đối mặt với tình trạng thiếu cán bộ tư vấn, quản lý, đánh giá. Do đó việc thành lập hệ thống kiểm soát nội bộ trong chính HTX không chỉ giúp giải quyết vấn đề này mà đã trở thành yêu cầu bắt buộc trong nhiều tiêu chuẩn hữu cơ, trong đó có tiêu chuẩn hữu cơ Mỹ, châu Âu...