Liên thông đơn thuốc điện tử vào hệ thống đơn thuốc Quốc gia tạo sự minh bạch và hiệu quả trong việc quản lý bán thuốc kê đơn, tránh việc sử dụng thuốc tùy tiện, dẫn tới nhờn, kháng thuốc. Tuy nhiên, việc triển khai của các đơn vị đang chậm chễ, thậm chí quá hạn đã lâu nhưng không có đơn vị nào nhắc nhở, xử phạt.
Bộ Y tế chỉ đạo thực hiện liên thông đơn thuốc điện tử nhằm quản lý việc kê đơn thuốc ở cơ sở y tế, kiểm soát được chất lượng thuốc, nguồn gốc, giá cả, phát hiện thuốc hết hạn còn lưu. Nhưng, quá hạn đã lâu, mà nhiều nơi vẫn chưa thực hiện.