Trước diễn biến phức tạp của cơn bão số 3, Sư đoàn 363, Quân chủng Phòng không-Không quân đã thành lập Ban chỉ đạo phòng, chống bão, đồng thời giao nhiệm vụ cho đồng chí Thượng tá Vũ Hồng Thao, Phó sư đoàn trưởng trực tiếp ra chỉ đạo Trạm Ra-đa 27, Trung đoàn 295 (đóng quân trên đảo Bạch Long Vĩ-TP Hải Phòng) làm công tác phòng, chống bão.
Trước diễn biến phức tạp của bão Yagi (bão số 3), Đồn Biên phòng Trà Cổ (TP Móng Cái, tỉnh Quảng Ninh) và Sư đoàn 363 (Quân chủng Phòng không-Không quân) đã triển khai nhiều biện pháp đồng bộ, quyết liệt phòng, chống và sẵn sàng các phương án để ứng phó.
Ngày 4-9, trước tình hình diễn biến phức tạp của bão số 3 (bão Yagi) ảnh hưởng trực tiếp đến khu vực Bắc bộ, Bắc Trung bộ, Sư đoàn 363, Quân chủng Phòng không-Không quân đã chủ động triển khai nhiều biện pháp phòng, chống nhằm giảm thiểu thiệt hại khi bão đổ bộ.
Đóng quân trên địa bàn có thời tiết, khí hậu phức tạp nên chân tường các công trình doanh trại tại Sở chỉ huy Sư đoàn 363 (Quân chủng Phòng không-Không quân) thường bị ẩm mốc, ảnh hưởng không nhỏ đến thẩm mỹ, tính chính quy.