Vườn quốc gia Phú Quốc, đặc biệt là rừng phòng hộ đóng vai trò quan trọng trong việc giảm thiểu tác động của bão, lũ lụt và xói mòn đất, bảo vệ các khu dân cư và cơ sở hạ tầng. Rừng quốc gia giúp điều tiết khí hậu, lọc không khí, bảo vệ nguồn nước và duy trì hệ sinh thái biển xung quanh.