Trường này bị phát hiện chi vượt nguồn ở nhiều khoản trong năm học 2023-2024 và 2024-2025, trong đó một số khoản vượt cả trăm triệu đồng.
Thanh tra TPHCM vừa có kết luận về việc thu chi của 3 trường phổ thông gồm: THPT Phạm Phú Thứ, THCS-THPT Diên Hồng và THPT Nguyễn Khuyến.