Cuộc vây hãm Jaffa kéo dài trong 3 ngày. Napoleon đã cử sứ giả đến yêu cầu thành phố đầu hàng. Thống đốc Jaffa chặt đầu sứ giả, treo đầu trên tường thành.
Với 20.000 quân Pháp đối mặt với 6.000 kỵ binh Mamluk và khoảng 54.000 dân quân Arab, Napoleon không nao núng. Trước trận đánh, ông khích lệ binh sĩ: 'Từ đỉnh Đại Kim tự tháp kia, 40 thế kỷ đang nhìn xuống các anh!'
Vị trí của Ai Cập khiến nơi này trở thành căn cứ hoàn hảo để người Pháp có thể đe dọa lợi ích của Anh ở cả Địa Trung Hải và Ấn Độ. Pháp thậm chí còn thấy được lợi ích của… một thất bại, vì nó sẽ giúp họ thoát khỏi vị tướng Bonaparte, khi sự nổi tiếng ngày càng tăng khiến ông trở thành một mối đe dọa.