Từng có đến ít nhất bốn lớp văn hóa đã xuất hiện, tồn tại và để lại dấu tích tại nơi đang được gọi là chùa Phật Tích hiện nay.
Các di sản văn hóa, mỹ thuật của chùa Phật Tích đã được ngành khảo cổ khai quật và lưu lại, được xem là bảo vật quốc gia mà khó có thể tìm thấy ở các ngôi chùa khác của Phật giáo.
Chùa Phật Tích là nơi quy tụ các dòng thiền: Tỳ Ni Đa Lưu Chi, Vô Ngôn Thông, Thảo Đường, Trúc Lâm Yên Tử, Lâm tế Nghĩa Huyền; về pháp tu là Thiền quán và Tịnh độ.
Không chỉ là trung tâm Phật giáo, Phật Tích còn là kho tàng truyền thuyết, cho thấy nơi đây là một trung tâm tín ngưỡng và văn hóa.