T.X Phổ Yên hiện có 328 thôn xóm, tổ dân phố (TDP). Rà soát theo tiêu chí của Bộ Nội vụ, chỉ có 81 đơn vị có quy mô số gia đình đạt chuẩn theo quy định; trong khi có tới 60 thôn xóm, TDP quy mô số hộ dưới 50% theo quy định; 187 thôn xóm, TDP đạt từ 50% quy mô số hộ trở lên.