Ngày 5-3-2004, Tư lệnh Hải quân đã ban hành Quyết định số 1062/QĐ-BTL về việc thành lập khung Vùng 3 Cảnh sát biển (tiền thân của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 2 ngày nay) thuộc Cục Cảnh sát biển Việt Nam, nay là Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam. Đến ngày 19-12-2009, theo Quyết định số 4842/QĐ-BQP của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Vùng 3 Cảnh sát biển được đổi tên thành Vùng Cảnh sát biển 2. Kể từ đó, ngày 5-3 trở thành ngày truyền thống của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 2.