Sử sách nhà Nguyễn ghi lại rằng, sau khi lên ngôi vào năm 1802, vua Gia Long đã cho tổ chức ngành y để phục vụ triều đình. Tuy nhiên đến thời Minh Mạng, cơ cấu bộ máy Thái Y viện mới được hoàn chỉnh dần. Việc tuyển chọn nhân sự vào Thái Y viện từ đó cực kỳ chặt chẽ và nghiêm túc.