Thời điểm tái lập và đi vào hoạt động, ngày 1/1/2004, huyện Ngọc Hiển đối mặt với rất nhiều khó khăn, thách thức: quy mô kinh tế nhỏ, kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội còn yếu kém, nhất là giao thông đường bộ; tỷ lệ hộ nghèo cao, đời sống vật chất và tinh thần của người dân còn nhiều khó khăn...
Ngày 17/11/2003, huyện Phú Tân được tái lập theo Nghị định số 138/2003/NÐ-CP của Chính phủ (chia tách từ huyện Cái Nước) và chính thức hoạt động từ ngày 1/1/2004.