Trên địa bàn phường Phan Đình Phùng hiện có 52 cơ sở giáo dục từ mầm non đến THCS, gồm 27 trường công lập, 12 trường ngoài công lập và 13 cơ sở mầm non độc lập. Tổng số học sinh, trẻ mầm non là 26.715 em, được phân bổ tại 805 lớp học, với đội ngũ 1.412 giáo viên. Mạng lưới giáo dục quy mô lớn, đồng thời cũng đặt ra áp lực không nhỏ về tổ chức, quản lý, đặc biệt khi lượng học sinh mới chuyển về gia tăng ngay trong năm học đầu tiên sau sáp nhập tỉnh.
Năm học 2025 - 2026 là năm học đầu tiên sau sáp nhập tỉnh, Tuyên Quang đón gần 500 học sinh từ tỉnh Hà Giang cũ về nhập học. Ngành Giáo dục và Đào tạo, các trường học đã và đang chuẩn bị toàn diện về cơ sở vật chất, nhân lực, phương pháp giảng dạy để sẵn sàng tốt nhất các điều kiện cho năm học mới.