Dù được đầu tư hệ thống thu gom, xử lý nước thải, song tại một số cảng cá ở Quảng Ngãi, các hạng mục này chỉ vận hành cầm chừng. Trong khi đó, nước thải từ hoạt động tàu cá vẫn chủ yếu xả trực tiếp ra khu vực cầu cảng.